1．XML文書に電子証明書で署名する

　電子証明書を準備します。
　Windowsの場合は、"My"証明書ストアから証明書を選択します。C#による電子証明書の選択方法を参照してください。
　以下に暗号化のコードを記します。

            // 証明書
            X509Certificate2 cert = GetCertificate();

　電子証明書は、関数GetCertificate()で選択されるものとします。
　この関数では証明書の有効性、利用目的や秘密鍵の有無などを調査する必要があります。この証明書は、電子署名に利用できるすべての条件を満たしているものとします。

　指定の電子証明書に対応する秘密鍵を署名用の鍵として指定します。

            // 証明書に対応する秘密鍵を指定する
            signedXml.SigningKey = cert.PrivateKey;

　には、署名を検証する証明書を含めますが、このサンプルではだけを含めます。
　他には、やなども含めることができます。

            // <KeyValue>を生成
            KeyInfo keyInfo = new KeyInfo();

            // <X509Data>オブジェクトを生成して<KeyInfo>に加える
            keyInfo.AddClause(new KeyInfoX509Data(cert));

            // <KeyInfo>オブジェクトを SignedXmlオブジェクトに追加する
            signedXml.KeyInfo = keyInfo;

　署名を実施し、指定したXML文書を作成します。

            // Compute the signature.
            signedXml.ComputeSignature();

　署名されたXML文書を取得します。
　結果は、ファイルsigned.xmlに格納されます。

            // XML署名データをXmlElementオブジェクトで取り出す
            XmlElement xmlDigitalSignature = signedXml.GetXml();

            // 署名される文書（original.xml）に署名を追加する
            doc.DocumentElement.AppendChild(
                    doc.ImportNode(xmlDigitalSignature, true));

            // ファイルに格納する
            doc.Save("signed.xml");
        }
    }
}

　XML文書全体への署名なので、署名データ(<Signature>）は、署名されるXML文書の子エレメントになります。部分署名の場合は、署名データは親エレメントになります。

　電子署名されたXML文書の例です。（見やすくするためインデントや改行しています。）

<root>
    <creditcard>
        <number>19834209</number>
        <expiry>02/02/2002</expiry>
    </creditcard>>
    <Signature xmlns="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#">
        <SignedInfo>
            <CanonicalizationMethod Algorithm="http://www.w3.org/TR/2001/REC-xml-c14n-20010315" />
            <SignatureMethod Algorithm="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#rsa-sha1" />
            <Reference URI="">
                <Transforms>
                    <Transform Algorithm="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#enveloped-signature" />
                </Transforms>
                <DigestMethod Algorithm="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#sha1" />
                <DigestValue>qf9G+NGDr9YbsV4Tu1a8je/DCLE=</DigestValue>
            </Reference>
        </SignedInfo>
        <SignatureValue>Qysxl+4tHKgczZKEJash5TtlHAJjuZ+DScSDz6wCf2KtR3v
                QELKhlMa22YXh0HOi6q3/5HJi5WpKAif3rPZXMTet/3ESMJn/8xL0LG
                zEod2kL0XRw2ubT9uoqVqeUcxJ4WBNQNg0+9z8zYno3Jks2QvimGZav
                E7UHgLrL9Q47vI=</SignatureValue>
        <KeyInfo>
            <X509Data>
                <X509Certificate>MIIEvjCCA6agAwIBAgIQKjHnW8ti/1AlJgCYYX
YRBTANBgkqhkiG9w0BAQUFADCB3TELMAkGA1UEBhMCVVMxFzAVBgNVBAoTDlZlcmlTaWduL
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Hav353zQ8tg/cJyA+YuKtkbm</X509Certificate>
            </X509Data>
        </KeyInfo>
    </Signature>
</root>

　サンプルコードはお問い合わせください。

(記載の会社名および製品名は、各社の登録商標および商標です。)